公司是于1999年12月经新疆维吾尔自治区人民政府新政函[1999]192号文批准,由新疆生产建设兵团农业建设第二师二十八团、新疆生产建设兵团农业建设第二师二十九团、新疆生产建设兵团农业建设第二师三十团、新疆库尔勒农垦供销合作总公司(现变更为新疆生产建设兵团农二师永兴供销有限责任公司)、新疆农垦库尔勒物资总公司(现变更为新疆生产建设兵团农二师天润农业生产资料有限责任公司)共同发起设立,于1999年12月30日注册登记成立。
经中国证券监督管理委员会(证监发行字[2003]46号)核准,公司于2003年5月26日公开向社会发行人民币普通股4000万股。
2018年11月14日,公司名称由“新疆冠农果茸集团股份有限公司”变更为“新疆冠农果茸股份有限公司”,同时英文名称由“Xinjiang Guannong Fruit&Antler Group Co.,Ltd.”变更为“Xinjiang Guannong Fruit&Antler Co.,Ltd.”。
2023年2月,公司名称新疆冠农果茸股份有限公司更名为新疆冠农股份有限公司;英文名称XINJIANG GUANNONG FRUIT&ANTLER CO.,LTD.变更为XINJIANG GUANNONG CO.,LTD.。

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